植绒和棉签拭子对不同载体微量生物物证的提取研究
植绒和棉签拭子对不同载体微量生物物证的提取研究

植绒和棉签拭子对不同载体微量生物物证的提取研究

2023-01-11 13:36:38

【目前对接触类生物检材提取方法主要有棉签拭子干湿两步擦拭法、脱落细胞粘取法等,本研究中引入 4N6FLOQSwabsTM(COPAN) 植绒拭子,与传统的复合纳米棉签拭子对三种载体 DNA 提取效果比较分析,结果显示,4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子提取效果显著好于传统的复合纳米棉签拭子,其主要原因有 :
(1)4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子利用尼龙纤维植绒填充技术最大限度地提高 DNA 采集和洗脱效率。
(2)4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子擦拭微量样本表面后,包装在密封的光管中,拭子头部悬空,不接触其它物体表面,不存在二次转移。
(3)4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子对样本的吸附和释放能力更强,由于植绒拭子材料与结构的特殊性,在采集样本时可更大程度吸附人体脱落细胞,在对样本进行裂解消化时,样本中微量成分也可高效释放,不滞留微量成分在植绒拭子内部。】

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长期以来,微量 DNA 样本的检验一直是个难题。有学者通过更高浓度 DNA 模板或增加扩增循环次数 、纯化扩增产物等方式来提高微量 DNA 检出率。要提高微量 DNA 的检出率,不能仅局限于 DNA 提取、扩增、检测方法的改良,更应注重对不同载体表面 DNA 的提取,提高载体表面 DNA 提取效果。本研究模拟了三种犯罪现场常见的载体表面微量DNA 样本,分别采用 
4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子和复合纳米棉签拭子进行 DNA 提取,并对获得的常染色体多态性STR 分型结果进行比较分析,旨在为选择微量 DNA 检材的提取手段提供参考和借鉴。

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1  材料和方法

1.1 主要仪器和试剂

QIAcube 纯化仪( QIAGEN ),24 孔 2.0 mL 恒温混匀仪( Eppendorf ),高速离心机(Eppendorf  ),QIAamp DNA Investigator Kit( QIAGEN ),Identifiler PlusTM kit( Life Technologies  ),9700 型 扩 增 仪( Life Technologies ),3130XL 分析仪(Life Technologies)。4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子(copan);复合纳米棉签拭子(北京*科技有限公司)。


1.2 实验样本

样本准备 :已知 DNA 分型的试验人员三名,分别编号为 A,B,C ;规格为 5cm×5cm 的玻璃 6 块和同一型号的一字开刀 6 把,办公室相同类型抽屉拉手 6 处,试验前对以上样本和载体表面采用相同方法处理 :先用 10% 漂洗液(7 mmol/L 次氯酸钠溶液)反复擦拭玻璃表面,再用 75% 的乙醇反复擦洗,晾干待用。

样品采集 :三名试验人员分别用左右手大拇指在两块规格为 5cm×5cm 的玻璃上捺指纹印 1 枚,用左右手各握 1 把一字开刀 10 s,用左右手拉办公室抽屉拉手处进行开关动作 2 次。

样本提取与编号 :分别采用 4N6FLOQSwabsTM植绒拭子和复合纳米棉签拭子,干湿两步擦拭法对三名试验人员的平行样本进行提取,6 枚指纹印分别编号为 A1,A2,B1,B2,C1,C2 ;6 把一字开刀表面擦拭分别 A3,A4,B3,B4,C3,C4 ;6 处办公室抽屉拉手表现擦拭分别编号为 A5,A6,B5,B6,C5,C6。其中 A1,A3,A5,B1,B3,B5,C1,C3,C5 为 4N6FLOQSwabsTM 植 绒 拭 子 提 取 样 本,A2,A4,A6,B2,B4,B6,C2,C4,C6 为复合纳米棉签拭子提取样本。


1.3 检验方法

DNA 提取 :各样本分别置于 2.0 mL 带过滤篮的离心管中,加入 480 µL ATL 和 20 µL PK,置于 56℃恒温混匀仪 900 r/min 裂解 2 h,裂解好后 13000 r/min 离心 5 min,弃过滤篮,在滤下的液体中加入 1 µL 载体 RNA,混匀后置于QIAcube 纯化仪中,启动程序进行样本 DNA 的提取。STR 复合扩增及检测分析 :用 Identifiler® PlusTM试剂盒、9700 型扩增仪扩增,各组样本分别设 3 个平行进行相同条件扩增。采用 10 µL 扩增体系,模板DNA 4 µL,Reaction Mix 4 µL,Primer Set 2 µL。用3130XL 分析仪对扩增产物进行毛细管电泳分离,使用 GeneMapper ID V3.2 软件进行数据分析。

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2 结果与讨论

参考共有图谱分析法 ,采用重复出现的等位基因来判定 STR 分型检验结果3 个平行样本的同一基因座出现两次或以上相同数值分型,即认定该基因座检出该数值分型,从认定的 STR 分型结果中统计各样本 DNA 图谱的检出基因座数量、等位基因丢失数量以及检出等位基因峰高面积。完整的 16 个基因座包括 15 个常染色体 STR 基因座及 Amelogenin基因座,检出 16 个基因座分型为“成功”,检出 9 个以上 STR 基因座及 Amelogenin 基因座为“有效”。

植绒拭子和棉签拭子对玻璃表面指纹印、一字开刀表面脱落细胞、抽屉拉手表面脱落细胞的 DNA常染色体多态性 STR 分型检验结果比较分别见表1、表 2、表 3。18 份微量 DNA 检材,成功检出 5份,有效检出 13 份,未检出混合基因分型,阴阳型对照均正常。选用 4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子和复合纳米棉签分别提取的 9 份微量 DNA 样本中,利用植绒拭子提取的微量 DNA 样本中有 5 份成功检出 16 个基因座分型,4 份有效检出 9 个以上基因座分型 ;复合纳米棉签拭子提取的 9 份微量样本均为有效检出。未成功检出的 13 份微量样本均不同程度地出现等位基因丢失的情况,4N6FLOQSwabsTM植绒拭子提取的微量样本丢失的等位基因座主要是CSF1PO、D18S51 及 D2S1338 等长片段基因座,以丢失单个基因为主,复合纳米棉签拭子提取的微量样本组等位基因丢失的基因座除 CSF1PO、D18S51、D2S1338、TPOX、D16S539 等长片段外,在 vWA、D5S818 等基因座也有丢失情况出现,丢失数量显著多于 4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子提取组,部分长片段还出现了完全丢失情况 ;复合纳米棉签拭子提取的微量 DNA 样本检出的等位基因峰高明显低于4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子提取的微量样本。从检出基因座数量、等位基因丢失数量、峰高面积拉手表面脱落细胞的 STR 分型结果,4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子对上述三种载体的 DNA 提取效果显著好于复合纳米棉签拭子。

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目前对接触类生物检材提取方法主要有棉签拭子干湿两步擦拭法、脱落细胞粘取法等,本研究中引入 4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子,与传统的复合纳米棉签拭子对三种载体 DNA 提取效果比较分析,结果显示,4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子提取效果显著好于传统的复合纳米棉签拭子,其主要原因有 :
(1)4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子利用尼龙纤维植绒填充技术最大限度地提高 DNA 采集和洗脱效率。与传统的普通棉签不同,植绒拭子的尼龙纤维结构垂直于基底,使整个样本采集区域无内部吸收孔,DNA 不易分散和滞留,洗脱更快更高效 ;
(2)4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子擦拭微量样本表面后,
包装在密封的光管中,拭子头部悬空,不接触其它物体表面,不存在二次转移,棉签拭子提取微量样本后采用滤纸包裹,使棉签上的脱落细胞等微量样本转移到滤纸上,增大了微量样本 DNA 含量的损耗 [7] ;
(3)4N6FLOQSwabsTM 植绒拭子对样本的吸附和释放能力更强,由于植绒拭子材料与结构的特殊性,在采集样本时可更大程度吸附人体脱落细胞,在对样本进行裂解消化时,样本中微量成分也可高效释放,不滞留微量成分在植绒拭子内部。而传统的复合纳米棉签拭子由吸水性更强的纤维制成,在裂解消化过程中,样本中微量成分容易滞留在缠绕的纤维团中,影响 DNA 提取效果。需要注意的是,植绒拭子的吸水能力低于棉签拭子,在对灰尘较多、覆盖杂质较多的物体表面的DNA提取时可能会受到一定的影响,这有待进一步的试验研究。

                                                                                                                                                    转自---刑事技术期刊


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